殼式盤管冷凝器和某些套管式冷凝器，只能靠酸或其它化學除垢劑在其中循環達到清洗的目的。可以在系統運行時向水中加入少量除垢劑進行連續除垢，也可以在冷庫制冷機系統停機時用濃除垢液(水中加入較大劑量除垢劑)在水管內短期循環除垢。

　　蒸發式冷凝器可以用工具刮去外層盤管的水垢，由于內層盤管不易用工具擦刮，最有效的辦法仍然是用酸或其它化學除垢劑清洗。

　　殼管式冷凝器通常用機械方法除垢，可以用氣動或電動的旋轉式除垢工具，也可以用尺寸合適的刮垢器或硬痢子從水管內通過，除掉污垢。

　　立式殼管冷凝器可以在制冷系統運行時除垢；而臥式殼管冷凝器則必須在制冷系統停機時，才能打開兩端水蓋進行除垢。